Penyesuaian konsep filsafat ini juga menyangkut pada pandangan filosofis masyarakat Jawa terhadap kedudukan para dewa dalam pewayangan. Para dewa dalam pewayangan bukan lagi merupakan sesuatu yang bebas dari salah, melainkan seperti juga makhluk Tuhan lainnya, kadang-kadang bertindak keliru, dan bisa jadi khilaf. Hadirnya tokoh punakawan dalam pewayangan sengaja diciptakan para budayawan Indonesia (tepatnya budayawan Jawa) untuk memperkuat konsep filsafat bahwa di dunia ini tidak ada makhluk yang benar-benar baik, dan yang benar-benar jahat. Setiap makhluk selalu menyandang unsur kebaikan dan kejahatan.
Wayang sebagai suatu pergelaran dan tontonan pun sudah dimulai ada sejak zaman pemerintahan raja Airlangga. Beberapa prasasti yang dibuat pada masa itu antara lain sudah menyebutkan kata-kata "mawa yang" dan `aringgit' yang maksudnya adalah pertunjukan wayang. Mengenai saat kelahiran budaya wayang, Ir. Sri Mulyono dalam bukunya Simbolisme dan Mistikisme dalam Wayang (1979), memperkirakan wayang sudah ada sejak zaman neolithikum, yakni kira-kira 1.500 tahun sebelum Masehi. Pendapatnya itu didasarkan atas tulisan Robert von Heine-Geldern Ph. D, Prehis toric Research in the Netherland Indie (1945) dan tulisan Prof. K.A.H. Hidding di Ensiklopedia Indone sia halaman 987.
Kata `wayang' diduga berasal dari kata `wewayangan', yang artinya bayangan. Dugaan ini sesuai dengan kenyataan pada pergelaran Wayang Kulit yang menggunakan kelir, secarik kain, sebagai pembatas antara dalang yang memainkan wayang, dan penonton di balik kelir itu. Penonton hanya menyaksikan gerakan-gerakan wayang melalui bayangan yang jatuh pada kelir. Pada masa itu pergelaran wayang hanya diiringi oleh seperangkat gamelan sederhana yang terdiri atas saron, todung (sejenis seruling), dan kemanak. Jenis gamelan lain dan pesinden pada masa itu diduga belum ada.
Untuk lebih menjawakan budaya wayang, sejak awal zaman Kerajaan Majapahit diperkenalkan cerita wayang lain yang tidak berinduk pada Kitab Ramayana dan Mahabarata. Sejak saat itulah cerita cerita Panji; yakni cerita tentang leluhur raja-raja Majapahit, mulai diperkenalkan sebagai salah satu bentuk wayang yang lain. Cerita Panji ini kemudian lebih banyak digunakan untuk pertunjukan Wayang Beber. Tradisi menjawakan cerita wayang juga diteruskan oleh beberapa ulama Islam, di antaranya oleh para Wali Sanga. Mereka mulai mewayangkan kisah para raja Majapahit, di antaranya cerita Damarwulan.
Cerita Mahabarata memang berasal dari India yang notabene adl pemeluk agama Hindu. Tetapi Mahabarata juga sudah dikenal di Indonesia sejak sebelum Sunan Kalijaga menciptakan pementasan Wayang Kulit untuk pertama kali. Pada waktu itu Sunan Kalijaga memasukkan nilai-nilai Islam ke dalam cerita mahabarata, seperti :
2. Penanggalan yg digunakan oleh para Pandawa adalah penanggalan hijriah, sedangkan kurawa menggunakan penanggalan India (lunisolar) yg dalam 1 tahun terdapat selisih 11 hari (bisa dibuktikan berdasarkan cerita mahabarata)...
3. Dewi Drupadi dalam cerita mahabarata yg asli dr India merupakan istri dari kelima pandawa (yudhistira, bima, arjuna, nakula, sadewa), sedangkan dalam mahabarata versi Indonesia merupakan istri dari Yudhistira karena dalam Islam tidak mengenal Poliandry.
4. Dalam Mahabarata asli India dewa tertinggi adalah (Syiwa, Wisnu, dan Brahma). Sedangkan dalam Mahabarata versi Indonesia terdapat karakter Dewa Ruci (dikenal dengan nama Sang Hyang Wenang atau Sang Hyang Tunggal) yg merupakan dewa dari para dewa.
5. Yang menjadi ciri khas pengaruh Islam dalam pewayangan adalah diajarkannya egaliterialisme yaitu kesamaan derajat manusia di hadapan Allah dengan dimasukannya tokoh-tokoh punakawan seperti Semar, Gareng, Petruk, dan Bagong. Semar (Sang Hyang Ismaya) dalam cerita mahabarata versi Indonesia merupakan kakak dari dewa Syiwa. Semar dalam versi Indonesia diceritakan menolak untuk dijadikan raja dari para dewa di kahyangan dan lebih memilih untuk menjadi manusia biasa sebagai batur (pembantu) dari para pandawa. Disini diceritakan bahwa Semar jauh lebih sakti dari dewa Syiwa, setiap dewa Syiwa mau menghukum Pandawa, Semar selalu membela pandawa dan dewa Syiwa benar-benar takut apabila disuruh berhadapan dengan Semar (dalam cerita mahabarata versi Indonesia, dewa Syiwa digambarkan sebagai karakter egois yang selalu ingin menang sendiri)
6. Pada sekitar abad 15, penggubahan cerita wayang yang berinduk pada Ramayana dan mahabarata makin jauh dari aslinya. Sejak zaman itulah masyarakat penggemar wayang mengenal silsilah tokoh wayang, termasuk tokoh dewanya, yang berawal dari Nabi Adam. Sisilah itu terus berlanjut hingga sampai pada raja-raja di Pulau Jawa. Dan selanjutnya, mulai dikenal pula adanya cerita wayang pakem. yang sesuai standar cerita, dan cerita wayang carangan yang diluar garis standar. Selain itu masih ada lagi yang disebut lakon sempalan, yang sudah terlalu jauh keluar dari cerita pakem.
Memang, karena begitu kuatnya seni wayang berakar dalam budaya bangsa Indonesia, sehingga terjadilah beberapa kerancuan antara cerita wayang, legenda, dan sejarah. Jika orang India beranggapan bahwa kisah Mahabarata serta Ramayana benar-benar terjadi di negerinya, orang Jawa pun menganggap kisah pewayangan benar-benar pernah terjadi di pulau Jawa.
Nama-nama candi peninggalan kerajaan Kalingga dan nama tempat yg terletak di dataran tinggi Dieng di Kab Wonosobo dan Banjarnegara semuanya berasal dari dunia pewayangan. misalnya :
1. Candi Gatotkaca, candi Arjuna, candi Semar, candi Srikandi (istri arjuna), candi Puntadewa (yudhistira), candi Sembadra (istri arjuna), candi Bima.
3. Goa Semar (goa vulkanik dengan bau belerang yg sangat menyengat, serasa berada di puncak gunung Merapi), telaga Merdada (danau vulkanik)
Masyarakat setempat beranggapan bahwa dieng plateau adalah tempat asal muasal dari cerita pewayangan...